棒球大联盟2nd故事讲述了茂野大吾是个有着现役职业棒球选手的父亲的小学生。他因为向往曾经在棒球大联盟活跃的父亲·吾郎，而开始了在少年棒球队“三船海豚队”的棒球训练。但是，因为背负着茂野二世这个称号的压力，无法发挥出原来的水平，以至于1年还不到就放弃了打棒球，过起了缺乏朝气的生活。在迎来小学6年级的春季里，一个从美国海归的转学生出现在了大吾的面前。转学生的名字是佐藤光。光的父亲居然是吾郎的盟友——大联盟的佐藤寿也……